Идейные разногласия между А. Гамильтоном, Т. Джефферсоном и их сторонниками на протяжении 1790-х годов проявлялись в многочисленных эпизодах политической борьбы, итогом чего стало формирование первой двухпартийной системы: федералистов и демократических республиканцев (последние стали так себя называть с 1796 года). Федералистов было больше в Новой Англии и “срединных штатах”, вроде Нью-Йорка, республиканцы же группировались на Юге, прежде всего в Виргинии. Это было связано с тем, что меры в области финансовой политики, предлагаемые Гамильтоном, были выгодны, главным образом, торгово-финансовой элите Севера, что просто вынуждало южных плантаторов переходить в оппозицию.
В результате спора о роли правительства в погашении национального долга, Джефферсон сумел добиться от федералистов уступки в вопросе о размещении новой столицы США — она начала строиться гораздо южнее, чем первоначально планировалось, на границе Мэриленда и Виргинии. Считая личную свободу высшей ценностью, Томас Джефферсон и его коллеги по партии с восторгом встретили первые известия о революции во Франции в 1789 году. Федералистов эти новости о восстании против действующей власти наоборот насторожили. Гамильтон строил всю торгово-финансовую политику США на основе восстановления и укрепления связей с Великобританией — республиканцы же все никак не могли простить англичанам былой деспотизм и не верили в перспективу превращения недавнего соперника в лучшего международного партнера.
Реакция администрации Вашингтона, а затем администрации умеренного федералиста Джона Адамса на разворачивающийся в Европе кризис, заставила джефферсоновских республиканцев предпринимать жесткие ответные меры, чтобы не допустить нарушения принципов Конституции США, прежде всего ее Билля о правах. Подконтрольные федералистам и республиканцам газеты (Gazette of the United States и National Gazette соответственно) развернули первую в истории США пропагандистскую кампанию, с грубыми нападками и взаимными личными оскорблениями. Джефферсон вместе с другим лидером республиканцев Джеймсом Мэдисоном пролоббировали принятие законодательными собраниями Виргинии и Кентукки резолюций, гласящих, что контролируемое федералистами центральное правительство не может принимать решений, на которые оно прямо не уполномочено конституцией. Таким образом, в процессе рождения первых партий, тут же возник и вопрос о пределах власти федерального центра, который через несколько десятилетий приведет к самому большому внутриполитическому кризису в истории США — Гражданской войне.