Как это часто бывает, присоединение новых территорий оказалось для США не только благом, но и источником многочисленных проблем. Возникший дисбаланс между Севером и Югом, между сторонниками и противниками рабства, привел к жесточайшему кризису, который так и не удалось до конца преодолеть вплоть до начала Гражданской войны. Именно на рубеже 1840-х и 1850-х годов жители Юга стали всерьез размышлять о сецессии, создании отдельного рабовладельческого государства. Однако тогда пламя конфликта все же удалось на время притушить, во многом благодаря усилиям известного “мастера компромиссов” Генри Клея, для которого эти события стали политической “лебединой песней” (он умер в 1852 году).

Кризис разгорелся после того, как калифорнийцы на референдуме 1849 года высказались за запрет рабства на территории своего вновь создаваемого штата. Хотя решение вопроса о рабстве на референдуме вполне соответствовало демократическому духу эпохи, оно нарушало принципы Миссурийского компромисса 1820 года, согласно которому Калифорния должна была стать рабовладельческой в силу своего географического расположения. Впрочем, буквальное следование Миссурийскому компромиссу было немыслимым и без референдума в Калифорнии, ведь оно дало бы неоспоримые преимущества рабовладельцам (практически все новые территории лежали южнее 36-й параллели).

Пытаясь найти выход из тупика, конгрессмены провели в жарких дискуссиях почти целый год: президент Закария Тейлор даже не дожил до окончания сессии, скончавшись в июле 1850 года. Его преемник Миллард Филлмор в сентябре 1850 года подписал пять законов, составивших суть нового компромисса.

Север получил Калифорнию в качестве свободного штата, запрет на торговлю рабами в столичном округе Колумбия, запрет на расширение территории рабовладельческого Техаса за счет соседей. Южане довольствовались новым законом о поимке беглых рабов (теперь северяне были обязаны возвращать беглецов на плантации), отсутствием ограничений на рабовладение в Юте и Нью-Мексико, выплатой Техасу компенсации в 10 млн долларов из федеральной казны.

В глазах северян все уступки по компромиссу 1850 года выглядели незначительными: главное, что удалось сберечь установленную в 1820 году линию по 36 параллели — ведь все еще не освоенные земли лежали к северу от нее, а значит со временем должны были превратиться в свободные штаты.